Mô hình này cũng có những nhược điểm như chi phí đầu tư xây dựng ban đầu rất tốn kém và hiệu quả kinh tế của mô hình cần phải có thời gian để tạo dựng, chi phí bỏ ra cho các nông trại loại này vượt quá giá trị các sản phẩm nông nghiệp chúng làm ra[8]. Đối với những cây trồng cần thụ phấn thì quá trình thụ phấn sẽ rất khó khăn hoặc tốn kém, việc sử dụng côn trùng như ong để thụ phấn cho những trang trại trong nhà kính và nó rất khó khăn trong việc duy trì đàn ong. Chi phí cho lao động cao hơn vì cần những công nhân được đào tạo bài bản, có hiểu biết về công nghệ, do sự phụ thuộc rất nhiều vào công nghệ, và công nghệ phụ thuộc nhiều vào sự tiến bộ của khoa học như hiệu quả sử dụng năng lượng của các đèn LED ánh sáng đơn sắc cao nhất hiện này tầm 40% tức là 60% năng lượng vẫn chưa có hiệu quả, giá thành của thiết bị đèn LED phụ thuộc nhiều vào ngành vật liệu, chi phí cho các sensor còn cao. Khi trồng cây trong nhà, điện là rất quan trọng nếu mất điện trong thời gian kéo dài thì toàn bộ cây trồng có thể chết.